Différents types d'instances de pilotage et de contrôle concourent au bon fonctionnement de l'Observatoire. Tout d'abord, deux instances de pilotage sont liées à la nature juridique de l'Observatoire, à sa qualité de personne morale organisée en GIP : l'Assemblée générale et le Conseil d'administration. Puis, une troisième instance de pilotage résulte du fait qu'il s'agisse d'un OREF, autrement dit d'une structure dont la mission, indépendamment de son mode d'organisation juridique, suppose une activité partenariale : le Comité technique d'experts. Enfin, un dispositif de contrôle de la gestion est prévu par la loi sur les GIP.

Les prérogatives de l'assemblée générale :
L'assemblée générale est composée de l'ensemble des membres du Groupement. Le Président de l'assemblée générale est le Président du Conseil d'administration.
Sont de la compétence de l'assemblée générale :
- L'adoption du programme annuel d'activités et du budget correspondant, y compris les prévisions d'engagement du personnel. Les emplois sont créés par décision de l'Assemblée générale sur proposition du Conseil d'administration
- La fixation des participations respectives des membres du Groupement
- L'approbation du rapport annuel d'activités et des comptes de l'exercice 
- Toute modification des modalités de fonctionnement du Groupement
- La prorogation ou la dissolution anticipée du GIP ainsi que les mesures nécessaires à sa liquidation
- Toute révision statutaire
- La définition des modalités financières et autres du retrait d'un membre
- L'admission ou l'exclusion d'un membre
- La prise de participation dans d'autres entités juridiques conformément aux règles en vigueur
- La nomination et révocation des administrateurs

Les prérogatives du Conseil d'administration :
Le Conseil d'administration est responsable de la gestion du GIP et rend compte devant l'Assemblée générale.
Il délibère sur les objets suivants :
- Les propositions relatives aux programmes d'activités et au budget du Groupement
- Les embauches et la gestion du personnel
- La convocation des assemblées générales ordinaires et extraordinaires, et la fixation des ordres du jour
- Le fonctionnement du Groupement
- La nomination sur proposition du Président du Groupement et la révocation du directeur du Groupement
- La détermination des pouvoirs du directeur
- Les propositions relatives aux participations respectives des membres du GIP

Composition du Conseil d'administration de l'Observatoire :

Pour l'État :
- Préfet de région Lorraine - Président du GIP OREFQ
- Directeur régional du travail, de l'emploi et de la formation professionnelle
- Directeur régional de l'INSEE (Institut national de la statistique et des études économiques)
- Recteur de l'Académie Nancy-Metz

Pour le Conseil régional :
- Président du Conseil régional de Lorraine - Vice-Président du GIP OREFQ
- Vice-Présidente du Conseil régional de Lorraine - Déléguée à la formation professionnelle
- Vice-Président du Conseil régional de Lorraine - Délégué aux interventions économiques en faveur des industries innovantes, de l’aide au Conseil et le transfert de technologie
- Vice-Présidente du Conseil régional de Lorraine - Déléguée à la gestion patrimoniale des établissements scolaires

Le GIP est une structure juridique qui associe plusieurs opérateurs publics ou privés autour d'une activité d'intérêt général. Les avantages du GIP correspondent à ceux des autres personnes morales, à savoir pour l'essentiel, l'autorité propre, le budget propre, la capacité d'agir en justice, etc. Cependant, un ensemble de contrôles garantissant la prééminence des intérêts publics et la licéité des activités du GIP sont prévus par la loi. Ils consistent en un contrôle général et technique exercé par un Commissaire du Gouvernement sur les activités du GIP, et en un contrôle économique et financier exercé par un Contrôleur d'État et la Cour des comptes. Par ailleurs, le GIP OREFQ ayant adopté la comptabilité publique, il bénéficie des compétences d'un Agent comptable nommé par le ministère de l'Economie, des Finances et de l'Industrie.

Compétences du Commissaire du Gouvernement
Le Commissaire du Gouvernement est nommé par le Ministère du travail, de l'emploi et de la formation professionnelle, et participe à toutes les instances de délibération et d'administration du groupement :
- Il exerce son contrôle sur le recrutement de personnel propre (il exprime un avis a priori sur ces recrutements)
- Il peut, sur sollicitation du Président du Groupement, arbitrer les litiges mettant en cause le bon fonctionnement du Groupement
- Il dispose d'un droit de veto suspensif de 15 jours sur des décisions mettant en cause le bon fonctionnement du groupement, notamment celles prises en violation des dispositions législatives ou réglementaires applicables et des dispositions de la convention constitutive. Ce droit de veto s'applique en particulier aux prises de participation auxquelles le Groupement pourrait s'engager. Dans ce cas, la délibération ou la décision en cause fait l'objet d'un nouvel examen par les instances qualifiées du Groupement
- Il informe les administrations dont relèvent les établissements publics participant au Groupement

Contrôle économique et financier
Compétences du Contrôleur d'État : elles portent sur l'activité économique et la gestion financière du GIP. Le Contrôleur d'État a une mission d'identification des risques économiques et financiers ainsi qu'un rôle de prévention de ceux-ci par un contrôle sur le fonctionnement du Groupement.
Sont en particulier visés :
- Les budgets prévisionnels de fonctionnement et d'investissement
- Les bilans, comptes de résultats et affectations des résultats
- Les documents contractuels de différente nature (contrats de travail des personnels directs, baux de location, conventions de formation continue…)
- Les cessions ou prises de participation financière

Compétences de la Cour des comptes
La Cour des comptes exerce un contrôle administratif à travers la vérification des comptes ou la gestion. Elle est en mesure de se faire communiquer tous les documents de quelque nature que ce soit relatifs à la gestion du Groupement et d'auditionner les agents du Groupement si elle le juge nécessaire. En règle générale, elle procède par des inspections, des vérifications occasionnelles a posteriori et assorties d'observations.
La Cour des comptes exerce aussi un contrôle juridictionnel. Ainsi, l'Agent comptable du GIP OREFQ est assujetti aux obligations de production des comptes du Groupement au Juge des comptes dans les délais réglementaires.

Compétences de l'Agent comptable du GIP
Les agents comptables des GIP sont soumis à un ensemble d'obligations propres à leur fonction. Ils sont nommés par le ministère des Finances ou avec son agrément, parfois par arrêté conjoint du Ministère des Finances et du Ministère de tutelle du Groupement.
L'Agent comptable public est chargé :
- De la prise en charge et du recouvrement des ordres de recettes transmis par l'ordonnateur
- Du paiement des dépenses mandatées par l'ordonnateur
- De la garde et de la conservation des fonds et des valeurs appartenant ou confiés au Groupement
- Du maniement des fonds et mouvements de comptes de disponibilités
- De la conservation des pièces justificatives des opérations et des documents de comptabilité
- De la tenue de la comptabilité générale elle-même, et le cas échéant de la comptabilité analytique d'exploitation et de la comptabilité matière
- De l'établissement en fin d'exercice du compte financier du Groupement
L'Agent comptable peut suspendre les paiements s'il constate des irrégularités dans la comptabilité de l'ordonnateur. Il exerce sa fonction de manière indépendante et engage sa responsabilité personnelle et pécuniaire dans les opérations qu'il réalise.

Dès leur émergence durant le CPER 1989-1993, les observatoires régionaux de la formation et de l'emploi (appellation générique alors en vigueur) ont été conçus comme des outils d'aide à la décision à vocation régionale fédératrice. Leur mission était de répondre aux besoins nés de la complexité croissante des phénomènes d'emploi et de chômage, à la diversification des instruments de politique d'emploi et à la nécessité d'une approche efficace et plus offensive de la lutte contre le chômage. De plus, le transfert de compétences de la formation initiale et continue aux Conseils régionaux, qui avait eu lieu quelques années auparavant, devait renforcer la nécessité d'une plus grande synergie d'action entre les différentes institutions de l'emploi et de la formation présentes sur le territoire régional.

En Lorraine, l'Observatoire a privilégié dès le départ un fonctionnement en réseau. Dans l'esprit des financeurs, il n'était pas question de créer une nouvelle structure d'étude qui vienne concurrencer les organismes d'études existant déjà et avantageusement reconnus. Il s'agissait au contraire d'animer un réseau et de promouvoir un langage commun à l'ensemble des acteurs concernés. Cette volonté affirmée et mise en œuvre concrètement a permis de faire de l'OREFQ un lieu de valorisation des compétences respectives de chacun des membres du réseau technique. Toutes les publications labellisées OREFQ ont été le fruit de travaux réalisés par des groupes inter institutionnels. Citons les collaborations avec les services de la DRTEFP et de la Région, du Rectorat (SAIO, DAFCO, DPAGE, DAET), du SGAR (SESGAR), de l'INSEE, du GREE/Céreq, de l'ONISEP, de la DRAF, de Pôle emploi, sans oublier les appuis apportés par des professionnels de terrain comme les Coordonnateurs Emploi-Formation…
La plupart de ces institutions font encore aujourd'hui partie du Comité technique d'experts de l'OREFQ. Entre temps, au gré des productions, se sont insérés de nouveaux acteurs comme les CAF, l'URSSAF et la MSA, l'ORSAS, AMILOR.